要選一款合適的支原體檢測試劑盒，有如下幾個評價指標：
1. 靈敏度。
靈敏度常用支原體基因組的拷貝數或支原體菌株的CFU表示。
2. 特異性和廣譜性。
質量好的試劑盒應檢測的支原體物種越多越多，并且特異性強，即只針對支原體，不針對其他細菌等微生物，沒有交叉反應。
3. 穩定性。
凍干粉比液體試劑的穩定性高。
4. 樣本類型及樣本處理。
一款好的試劑盒，會標出它適合的樣本類型，也會說明如何處理樣本。要注意有的樣本含有抑制PCR反應的物質，因此需要處理。
5. 對照品。
一個好的試劑盒，會帶有陽性對照和內控對照。內控對照是用于監測PCR是否正常。如果樣本含有抑制PCR的物質，則內控對照的條帶會發生缺失。有嚴重支原體污染的樣本由于樣本中的支原體對內控對照產生了競爭性抑制，因此支原體條帶越強，內控條帶越弱（下圖）。
圖. 1. 100 bp DNA Ladder；2. 陰性對照，有內控條帶；3. 陽性對照，有支原體陽性條帶；4. 樣本有PCR抑制劑；5.陰性樣本；6.陽性樣本，支原體污染較輕；7.陽性樣本，支原體污染較重。圖片來自Minerva Biolabs公司生產的Venor®GeM Advance支原體檢測試劑盒說明書
但支原體核酸檢測法（NAT）并沒有載入我國藥典。我們藥典的是支原體培養法和DNA染色法。但2018年《中國藥事》第8期上，中國食品藥品檢定研究院刊發了一篇文章——《支原體檢查的核酸檢測方法及方法學驗證的思考》，提出提出要與接軌，逐漸推進NAT的開展，因其“具有快速、靈敏、便捷等特點”。
歐洲藥典規定，核酸法如替代培養基，核酸法的靈敏度需達到10 CFU·mL-1；如替代DNA染色法，核酸法的靈敏度需達到100 CFU·mL-1。該文也提出，需對NAT進行特異性、低檢出限和耐用性的驗證。
因此，對于需要NAT法檢查支原體的生物制品和細胞治療產品企業，可選擇試劑盒已經驗證并提供有參比物質的廠家，盡管后續仍需按照待測樣本類型進行方法的適用性驗證，并同步開展藥典方法的平行檢測研究，但已為NAT法檢查支原體帶來極大的方便。
