定量PCR較半定量準確，可實時定量。理論上有1個copy的差別就能區分開。如果你只想看看大致趨勢，半定量不失為一種快速的方法。現在一些高級別的刊物上還有半定量的結果，如plant cell, plant physiology, genome biology等。
半定量反轉錄－聚合酶鏈反應（semi-quantitatie reerse transcription and polymerase Chain reaction ,SqRT-PCR）是近年來常用的一種簡捷、特異的定量RNA測定方法，通過mRNA反轉錄成cDNA，再進行PCR擴增，并測定PCR產物的數量，可以推測樣品中特異mRNA的相對數量。以半定量RT-PCR為基礎建立起來的mRNA含量測定技術，較含內標化的RT-PCR定量測定的mRNA的方法更為簡便可行。這種方法不另設‘內標準',排除了倆對不同引物之間的相互抑制和靈敏讀差異，而且具有明顯的劑量－效益關系和良好的重復性。
步驟，1。抽提RNA，2。反轉錄獲得cDNA，3。以cDNA為模板做PCR!
注意：步驟1，RNA抽提質量一定要好，注意污染。內參的選擇，常用的有βactin和GAPDH倆中。步驟3，半定量RT-PCR應該再兩管中進行，既內參和目的基因各一管，這樣便于控制，做圖的時候可以放在一各泳道里跑！指數期和平臺期一定要摸清楚！
定量ＲＴ－ＰＣＲ（quantitatie reerse transcription and polymerase Chain reaction ,qRT-PCR）是在用一步法或兩步法，在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。有相對定量和定量兩種分析方法，定量的目的是測定目的基因在樣本中的分子數目，即通常所說的拷貝數。相對定量的目的是測定目的基因在兩個或多個樣本中的含量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的拷貝數。另外，與傳統的PCR技術相比，Real-time Q-PCR的不足之處是：（1）由于運用了封閉的檢測，減少了擴增后電泳的檢測步驟，因此也就不能監測擴增產物的大小；（2）因為熒光素種類以及檢測光源的局限性，從而相對地限制了real-time Q-PCR的復合式（multiplex）檢測的應用能力；（3）目前real-time Q-PCR實驗成本比較高，從而也限制了其廣泛的應用。
