1.超濾超濾是利用壓力或離心力，使小分子溶質和溶劑穿過一定孔徑的特制的薄膜而使大分子溶質不能透過，留在膜的一邊，從而使大分子物質得到了部分的純化，根據蛋白質分子大小的不同而選擇不同分子量的膜上，以達到濃縮和脫鹽的目的，從而使蛋白質得到分離。
2.鹽析法
鹽析一般是指溶液中加入無機鹽類，蛋白質在低鹽濃度下的溶解度隨著鹽溶液濃度升高而增加，當鹽濃度不斷上升時，蛋白質的溶解度又以不同程度下降并先后析出，此稱鹽析，從而達到分離純化的效果。一般粗抽提物常用該法進行粗分。
3.有機溶劑沉淀法
利用不同蛋白質在不同濃度的有機溶劑中的溶解度差異而分離的方法即為有機溶劑沉淀法。有機溶劑能降低溶液的介電常數，削弱溶劑分子與蛋白分子間的作用力，從而增加蛋白質分子上帶電粒子的相互吸引力，致使蛋白分子聚合沉淀；另有機溶劑溶解于水的同時，能從蛋白質周圍的水化層中奪走水分子，破壞水化層，從而使蛋白質沉淀析出。
4.凝膠層析
混合物隨流動相流經裝有凝膠作為固定相的層析柱時，溶液中各物質因分子大小不同而被分離，在洗脫過程中，分子質量z最大的物質因不能進入凝膠網孔而沿凝膠顆粒間的空隙最先流出柱外，分子量最小的物質能進入凝膠網孔而受阻滯，流速緩慢，致使最后流出柱外。凝膠層析是一種快速而簡便的分離分析技術，操作條件比較溫和，可在相當廣的溫度范圍下進行，不需要有機溶劑，并且對分離成分理化性質的保持有獨到之處，對于高分子物質有很好的分離效果。因此被生物化學、分子生物學、生物工程以及醫藥學等領域廣泛應用。陳寧等利用Sephadex G-25凝膠層析柱和反相柱對核桃蛋白酶解物，獲得抗氧化能力最z強的多肽序列Ala-Gly-Gly-Ala。張志強等，采用硫酸鈉鹽析法與凝膠層析法對卵黃進一步純化，得到純度為97%的IgY。
5.親和層析
蛋白混合液通過層析柱時，與吸附劑具有親和能力的蛋白質被吸附而滯留在層析柱中，沒有親和力的蛋白質不被吸附，直接流出，從而與被分離的蛋白質分開，然后選用適當的洗脫液，改變結合條件將被結合的蛋白質洗脫下來，從而達到分離提純的目的，這種分離純化蛋白質的方法稱為親和層析。
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